Prodi Maksi FBE UII telah bekerjasama dengan berbagai lembaga/institusi baik nasional maupun internasional. Pada level nasional, salah satunya dengan lembaga profesi di bidang Audit Forensik (LSPAF-Lembaga Sertifikasi Profesi Auditor Forensik) dan telah ditunjuk untuk mengelola Tempat Ujian Kompetensi (TUK) bagi para mahasiswa dan praktisi yang ingin memperoleh Sertifikasi di bidang Audit Forensik dengan gelar C.Fr.A. Pada tahun 2018. Sedangkan di level internasional, salah satunya prodi Maksi FBE UII mempunyai kerjasama dalam bentuk program dual degree dengan program Master of Professional Accounting (MPA) di bawah UWA Business Scool, University of Western Australia. Program dual-degree ini juga telah memperoleh ijin dari DIKTI dengan No. T/937/C.C5/KS.00.02/2019. Prodi Maksi FBE UII juga aktif dalam kegiatan dengan berbagai asosiasi yang berhubungan dengan perkembangan, baik untuk kepentingan akademik dan riset maupun institusional dalam upaya untuk mendapatkan informasi yang terkini.