Pendidikan di PSFPM dirancang untuk mempersiapkan lulusan magister farmasi yang unggul dalam pengembangan sediaan farmasi, pelayanan kefarmasian, dan pengembangan pendidikan berbasis pemanfaatan maha data yang mendukung pembuatan kebijakan dan peningkatan kualitas layanan di fasilitas kesehatan. Perubahan global dalam era industri 4.0 dan society 5.0 akan menciptakan banyak tantangan. Di bidang kesehatan, penggunaan big data dan internet of things (IoT) telah mengubah sistem pelayanan kesehatan. Penyimpanan data pasien online, prediksi penyakit, distribusi atau cakupan pengobatan, sangat dimungkinkan untuk dilakukan dengan mengolah big data. Oleh karena itu, peranan farmasis maupun peneliti di bidang kesehatan dapat tereduksi oleh aplikasi-aplikasi pintar yang akan segera hadir di masyarakat. Perubahan-perubahan tersebut diantisipasi oleh PSFPM UII dengan menyiapkan lulusan yang bisa mengikuti kemajuan zaman, serta siap berkontribusi dan memberikan kemanfaatan, sesuai dengan profil lulusan yaitu PRIME (Practitioner, Researcher and Life Long Learner, Islamic Behaviour and International Orientation, Manager and Entrepreneur Educator and Effective Communicator).