Program MIE didirikan pada Tahun 2009 dengan SK dari Dirjen Dikti No 453/D/T/2009 Tanggal 9 April 2009. Tujuan didirikannya Prodi ini adalah untuk pengembangan khasanah keilmuan dibidang Ekonomi dan Keuangan Islam sekaligus pengembangan pendidikan formal di tingkat magister sebagai kelanjutan program pendidikan yang sudah ada pada program sarjana. Pengembangan ini sejalan dengan perkembangan Industri Keuangan Islam (misalnya Bank Islam Asuransi Islam dan Pasar Modal Islam) secara khusus maupun praktek Ekonomi Islam secara umum, sehingga keberadaan prodi ini menjadi sangat relevan dengan upaya pemenuhan kebutuhan SDM yang kompeten dan handal di bidang Ekonomi & Keuangan Islam secara khusus maupun di bidang ilmu ekonomi secara umum.
Selama lebih dari satu dekade program ini telah berjalan dan berhasil meraih sejumlah capaian penting antara lain dalam hal akreditasi BAN-PT yaitu diraihnya Akreditasi B untuk pertama kalinya pada Tahun 2014, kemudian meningkat menjadi Akreditasi A pada Tahun 2019. Capaian lainnya adalah bahwa hingga Angkatan ke-20 prodi ini telah berhasil menghasilkan lulusan lebih dari 130 alumni. Sebagian besarnya alumninya, sekitar separuhnya, berkarir menjadi dosen di perguruan tinggai baik negeri maupun swasta yang tersebar dari Aceh hingga Maluku. Sejumlah alumni lainnya tersebar sebagai praktisi di sektor keuangan, baik perbankan maupun LKM seperti BMT, konsultan maupun wirausahawan.
