Program Magister Teknik Industri UII menjadi salah satu program yang telah memperoleh akreditasi B oleh BAN-PT. Program magister ini juga memiliki program double designation, yakni selain mendapatkan gelar Magister Teknik (MT), lulusan Magister Teknik Industri UII juga akan mendapatkan sertifikasi American Suply Chain Alalyst (ASCA) dan Certified International of Project Manager (CIPM). Hal ini bertujuan untuk mengintegrasikan gelar akademik dan
sertifikasi. Tak hanya itu, lulusan Program Magister Teknik Industri UII juga akanmendapatkan sertifikasi keahlian yang diakui oleh Badan Nasional Sertifikasi Profesi (BNSP).
Program Magister Teknik Industri UII terbagi menjadi empat konsentrasi, yakni Manajemen Industri, Teknik Industri, Ergonomi dan Keselamatan dan Kesehatan Industri, serta Logistic & Supply Chain Management. Program ini juga menyediakan beasiswa bagi mahasiswa yang berminat, serta dapat memperoleh kesempatan magang kerja untuk mendapatkan gambaran serta pengalaman yang nyata di dunia kerja.