Program Studi Akuntansi UII memiliki keunggulan dalam menyelenggarakan pendidikan akuntansi, khususnya pada bidang akuntansi forensik, akuntansi syariah, dan teknologi informasi. Keunggulan Prodi Akuntansi UII diwujudkan dengan adanya mata kuliah Sistem Aplikasi ERP-SAP, Auditing Syariah, dan Audit Forensik. Prodi Akuntansi UII bekerja sama dengan Lembaga Sertifikasi Profesi Auditor Forensik (LSP AF) memberikan pelatihan dan sertifikasi profesi auditor forensik untuk mahasiswa. Selain itu, Prodi Akuntansi juga menyelenggarakan pelatihan Brevet Pajak untuk menyiapkan mahasiswa menjadi akuntan pajak profesional.