Program studi ini ditawarkan untuk calon mahasiswa yang hendak menempuh studi di jenjang magister (Strata 2) pada bidang teologi yang fokus pada pengembangan pemikiran-pemikiran kritis, filosofis serta dialogis.

Program studi ini menawarkan 5 Minat Studi, yaitu:

Kajian Biblika (Biblical Hermeneutics)
Minat Studi ini terbuka bagi para sarjana filsafat keilahian dan sarjana teologi (semua agama) yang ingin mengkaji teks-teks Alkitab dengan metode-metode hermeneutik kontemporer guna mengembangkan hermeneutik yang mampu memberikan dasar- dasar teologis bagi relasi yang setara antar segenap makhluk dalam kehidupan.

Kajian Teologi Publik (Public Theology Studies)
Minat Studi ini terbuka bagi para sarjana filsafat keilahian dan sarjana teologi (semua agama) yang ingin mengkaji wacana teologi dan tradisi yang dihidupi dalam masyarakat dan kultur yang luas secara metodologis, konstruktif, reflektif dan kritis dalam dialog lintas disiplin ilmu dan lintas agama guna menjawab isu-isu kontemporer.

Kajian Teologi Praktis (Practical Theology Studies)
Minat Studi ini terbuka bagi para sarjana filsafat keilahian, sarjana teologi (semua agama), dan sarjana pendidikan agama kristen yang ingin mengkaji teologi operasional dan tradisi serta pengalaman insani yang dihidupi dalam masyarakat dan kultur yang luas secara metodologis, konstruktif, reflektif dan kritis dalam dialog lintas disiplin ilmu dan lintas agama guna menghasilkan gagasan-gagasan dan praksis baru yang memadai dengan konteks masyarakat masa kini.

Kajian Pelayanan Kependetaan (Pastoral Ministries Studies)
Minat Studi ini terbuka bagi para sarjana non filsafat keilahian, sarjana non teologi, dan sarjana pendidikan agama kristen yang ingin mengkaji situasi komunitas dan masyarakat secara metodologis, konstruktif, reflektif dan kritis dalam dialog lintas disiplin ilmu dan lintas agama guna melakukan inovasi di dalam dan mengembangkan kapasitas komunitas gerejawi.

Kajian Konflik dan Perdamaian (Peace and Conflict Studies)
Minat Studi ini terbuka bagi para sarjana (semua agama) yang ingin mengkaji pengembangan perdamaian interkultural yang positif, rekonsiliatif, dan restoratif dalam masyarakat majemuk secara metodologis, konstruktif, reflektif dan kritis dalam dialog lintas disiplin ilmu dan lintas agama guna mewujudkan perdamaian berkelanjutan dan mentransformasi kekerasan individual, struktural, dan kultural.