Universitas Kristen Duta Wacana didirikan pada tahun 1985 sebagai pengembangan dari Sekolah Tinggi Theologia (S.T.T.) Duta Wacana. S.T.T. Duta Wacana sendiri didirikan pada tahun 1962 sebagai penggabungan dari Akademi Theologia Jogjakarta dan Sekolah Theologia Bale Wiyata, Malang.

S.T.T. Duta Wacana dibentuk sebagai jawaban terhadap harapan gereja-gereja untuk meningkatkan mutu pendidikan para pelayan jemaatnya melalui pendidikan tinggi yang setara dengan universitas. Dalam perjalanannya, S.T.T. Duta Wacana semakin hari semakin mendapat pengakuan dari pemerintah. Pengakuan pemerintah itu nyata melalui peningkatan status yang semula hanya “terdaftar”, pada tahun 1983 menjadi “diakui”. Pada tahun 1982, S.T.T. Duta Wacana bergabung dalam The Assosiation for Theological Education in South East Asia (ATESEA) untuk lebih meningkatkan mutu pendidikannya. Dalam asosiasi tersebut, S.T.T. Duta Wacana pernah mendapatkan akreditasi dengan peringkat terbaik di Asia Tenggara.

Tahun 2006 bersama dengan Universitas Islam Sunan Kalijaga dan Universitas Gajah Mada, UKDW membentuk konsorsium studi antar agama yang menawarkan studi jenjang S-3. Program ini dinamakan Indonesia Consortium for Religious Studies (ICRS).

Tahun 2009 Fakultas Kedokteran dibuka dengan dua jurusan yaitu Pendidikan Dokter dan Profesi Dokter. Pada tahun 2010 Fakultas Teologi membuka Program Studi S-3 dan 2014 Program Studi Kajian Konflik dan Perdamaian. Pada tahun 2015 Fakultas Arsitektur dan Desain membuka Program Studi Magister Arsitektur. Tahun 2016 Fakultas Bisnis membuka Program Studi Magister Manajemen. Juga pada tahun 2016 UKDW mendirikan Program Studi Pendidikan Bahasa Inggris.

Dengan demikian UKDW memiliki tujuh fakultas (Teologi, Arsitektur, Bioteknologi, Bisnis, Teknologi Informasi, Kedokteran, serta Kependidikan dan Humaniora) dengan tujuh belas program studi yaitu S-1 Teologi, S-2 Teologi, S-2 Kajian Konflik dan Perdamaian, S-3 Teologi, S-3 Studi Antaragama, S-1 Arsitektur, S-1 Desain Produk, S-2 Arsitektur, S-1 Manajemen, S-1 Akuntansi, S-2 Manajemen, S-1 Biologi, S-1 Informatika, S-1 Sistem Informasi, S-1 Kedokteran, Profesi Dokter dan S-1 Pendidikan Bahasa Inggris.