Setelah kemerdekaan Indonesia tercapai, cita-cita meningkatkan mutu pendidikan dan kecenderungan orang mencapai perguruan tinggi makin berkembang. Dekade tahun lima puluhan, lembaga-lembaga perguruan tinggi daerah mulai menampakkan diri, menjawab kebutuhan orang-orang daerah.
Cita-cita mendirikan perguruan tinggi atau universitas negeri di Manado yang ketika itu merupakan pusat pemerintahan dan kegiatan daerah Sulawesi Utara dan Tengah, dapat dikatakan telah dirintis oleh adanya Universitas Pinaesaan yang didirikan tanggal 1 Oktober 1954 di Tondano, baru memiliki satu fakultas, yakni Fakultas Hukum. Bersama dengan Universitas Permesta yang didirikan pada tanggal 23 September 1957 di Manado, maka Universitas Pinaesaan sesungguhnya merupakan embrio dari berkembangnya Universitas Sam Ratulangi di masa depan.
Memiliki dua universitas dengan status swasta ternyata belum memuaskan selera warga (Sumekolah) ini. Oleh karena itu, atas inisiatif masyarakat Sulawesi Utara dan Tengah (para pemuka militer, sipil, maupun cendekiawan), terciptalah kesatuan dan kebulatan tekad untuk merealisir berdirinya satu perguruan tinggi berstatus negeri di kedua daerah itu, yang diharapkan menjadi kebanggaan masyarakat umumnya serta rakyat Sulawesi Utara dan Tengah pada khususnya.
Sebagai tindak lanjut, berdirilah Perguruan Tinggi Manado (PTM) pada tanggal 1 Agustus 1958, dengan empat fakultas yakni:
- Fakultas Hukum,
- Fakultas Ekonomi,
- Fakultas Sastra, dan
- Fakultas Tatapraja.
Keempat fakultas ini merupakan dasar berdirinya PTM (yang perkembangan selanjutnya menjadi Universitas Sam Ratulangi).
Pada tahun yang sama, di bulan Oktober, PTM merubah namanya menjadi Universitas Sulawesi Utara-Tengah, yang disingkat UNSUT. Sampai tahap itu, status perguruan tinggi ini masih swasta penuh. Awal dekade enam puluhan, upaya menuju pada status negeri, mulai nampak tanda-tandanya. Tepatnya pada tahun 1960, UNSUT dirubah lagi nama singkatnya menjadi UNISUT (Universitas Sulawesi Utara dan Tengah).
Sejarah kemudian berubah, dimana berdasarkan Keputusan Menteri PTIP Nomor 22/1961, tanggal 4 Juli 1961, UNISUT resmi dalam status Universitas Negeri, dengan lima fakultas, yaitu:
- Fakultas Hukum,
- Fakultas Ekonomi,
- Fakultas Kedokteran,
- Fakultas Pertanian, dan
- Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan (FKIP).
Dalam periode 1961-1965, UNISUT dirubah lagi singkatannya menjadi UNSULUTTENG yang juga merupakan singkatan dari Universitas Sulawesi Utara dan Tengah.
Berdasarkan Surat Keputusan Presiden Republik Indonesia Nomor 277 tertanggal 14 September 1965, ditetapkan pengesahan universitas negeri di Manado ini, sekaligus dengan namanya dari Universitas Sulawesi Utara dan Tengah menjadi Universitas Sam Ratulangi, disingkat UNSRAT. Terdiri dari tujuh fakultas yakni:
- Fakultas Kedokteran,
- Fakultas Pertanian,
- Fakultas Perternakan,
- Fakultas Hukum dan Pengetahuan Masyarakat,
- Fakultas Ekonomi,
- Fakultas Sosial Politik, dan
- Fakultas Teknik
Kemudian, Fakultas Sastra yang tadinya berstatus swasta diresmikan masuk dalam Universitas Sam Ratulangi. Setahun kemudian, 1966, Universitas Sam Ratulangi, kembali ketambahan satu fakultas lagi, Fakultas Perikanan yang sampai tahun 1969, berkedudukan di Tahuna. Lalu dipindahkan ke Manado dan bergabung dengan Universitas Sam Ratulangi (yang kemudian pada tahun 1996 menjadi Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan di singkat FPIK). UNSRAT menjadi 9 fakultas. Suatu jumlah yang cukup besar dibandingkan perguruan tinggi lainnya pada saat itu. Perkembangannya ternyata tak berhenti. Pada tahun 1982, FKIP Manado cabang Gorontalo, menjadi FKIP UNSRAT di Gorontalo (yang kemudian berdiri sendiri yang sekarang di kenal menjadi Universitas Negeri Gorontalo dengan lulusan terakhir sebanyak 3037 orang pada tahun 1992). Di susul Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam – FMIPA tahun 1998. Sedangkan Program Pasca Sarjana didirikan pada tahun 1985. Tahun 2009 lewat surat persetujuan DIKTI No.212/D/2009 tanggal 17 Februari 2009 Fakultas Kesehatan Masyarakat resmi berdiri di Universitas Sam Ratulangi dan merupakan fakultas terbungsu saat ini.
Jadilah kini Universitas Sam Ratulangi sebagai perguruan tinggi negeri dengan Sebelas Fakultas dan satu Program Pasca Sarjana yakni:
- Fakultas Kedokteran
- Fakultas Teknik
- Fakultas Pertanian
- Fakultas Peternakan
- Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan
- Fakultas Ekonomi
- Fakultas Hukum
- Fakultas Ilmu Sosial dan Ilmu Politik
- Fakultas Sastra
- Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
- Fakultas Kesehatan Masyarakat, dan
- Fakultas Pasca Sarjana.