Sebagai sebuah lembaga pendidikan tinggi, sejarah perkembangan UIN Jakarta tidak bisa dilepaskan dari sejarah perkembangan perguruan tinggi Islam di Indonesia dalam menjawab kebutuhan pendidikan Islam secara modern. Embrio UIN Jakarta dapat ditelusuri dari pendirian Pesantren Luhur (pada masa menjelang kemerdekaan), Sekolah Tinggi Islam di Padang dan di Jakarta Tahun 1946, Universitas Islam Indonesia (UII) di Yogyakarta, serta pendirian Akademi Dinas Departemen Agama (ADIA) tahun 1957 di Jakarta hingga menjadi UIN Syarif Hidayatullah sekarang.

Sebagai Universitas Islam Negeri yang sejajar dengan Universitas Negeri lainnya di Indonesia, mulai Tahun akademik 2003/2004 dalam penerimaan mahasiswa baru disamping penerimaan secara lokal, UIN Syarif Hidayatullah juga masuk dalam SPMB (Seleksi Penerimaan Mahasiswa Baru) yang bertarap Nasional. Dengan demikian UIN Syarif Hidayatullah Jakarta secara tidak langsung sudah mendapat pengakuan secara nasional dan internatsional. Pengakuan ini menjadi modal dasar membangun menuju internasionalisasi dan globalisasi dalam kerangka universitas riset yang unggul dan kompetitif (Leading Towards Research University) ilmu-ilmu Qur’aniyah maupun ilmu-ilmu Kauniyah. Dengan berbasis riset, diharapkan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta dapat memiliki daya tarik bagi mahasiswa terutama bagi mahasiswa tingkat magister dan doktor dari berbagai penjuru dunia sehingga tercipta academic, social cultural exchange yang pada gilirannya membentuk intelectual community dan learning society dengan berkemampuan riset dan analisis yang dapat diterapkan dalam berbagai bidang profesional dalam spectrum yang lebih luas dan UIN Syarif Hidayatullah Jakarta siap go internasional dan menjadi Universitas International. dan menjadi Jendela Keunggulan Akademis Islam Indonesia (Window of Academic Excellence of Islam in Indonesia) seperti yang diharapkan oleh tokoh-tokoh pejuang pendidikan Islam.

Visi
UIN Syarif Hidayatullah Jakarta Menjadi Perguruan Tinggi Bereputasi Global dengan Keunggulan Integrasi Ilmu Keislaman, Keindonesiaan, dan Sains.

Misi

1. Menyelenggarakan pendidikan dan pengajaran yang inovatif dan kreatif berbasis teknologi informasi dan sesuai kebutuhan global;
2. Menyelenggarakan pendidikan tinggi berbasis riset yang bermutu dan unggul untuk pengembangan keilmuan, transformasi sosial, dan peningkatan daya saing bangsa;
3. Menyediakan akses pendidikan tinggi yang berkualitas bagi masyarakat luas secara berkeadilan;
4. Menyelenggarakan pendidikan tinggi dalam kultur organisasi yang profesional, akuntabel, berintegritas, dan enterpreneurial.

Apabila beberapa perguruan tinggi di Indonesia yang menggunakan nama-nama para tokoh di bidang kemiliteran, IAIN Syarif Hidayatullah Jakarta (sekarang UIN Syarif Hidayatullah Jakarta) lebih memilih nama-nama tokoh di bidang keagamaan. Dipilihnya nama Syarif Hidayatullah adalah karena nama itu merupakan nama asli dari salah satu Walisongo, sembilan penyiar Islam di Pulau Jawa, yakni Sunan Gunung Jati yang memiliki peranan besar dalam pengembangan Islam di Sunda Kelapa (Jakarta sekarang). Syarif Hidayatullah memiliki peran besar terhadap pengukuhan kekuasaan Islam di Sunda Kelapa yang di kemudian hari ia beri nama Jayakarta dan diubah menjadi Batavia oleh Belanda. Oleh karena itu penamaan Syarif Hidayatullah Jakarta diharapkan dapat memberikan inspirasi kepada sivitas akademika dalam pengembangan Islam di Indonesia.

UIN Syarif Hidayatullah Jakarta mempunyai motto, sebagai berikut:

• Knowledge, mengandung arti bahwa UIN Syarif Hidayatullah memiliki komitmen menciptakan sumber daya insani yang cerdas, kreatif, dan inovatif. UIN Syarif Hidayatullah Jakarta berkeinginan memainkan peranan optimal dalam kegiatan learning, discoveries, and engagement hasil-hasil riset kepada masyarakat. Komitmen tersebut merupakan bentuk tanggung jawab UIN Syarif Hidayatullah Jakarta dalam membangun sumber daya insani bangsa yang mayoritas Muslim. UIN Syarif Hidayatullah Jakarta ingin menjadi sumber perumusan nilai keislaman yang sejalan dengan kemodernan dan keindonesiaan. Oleh karena itu, UIN Syarif Hidayatullah Jakarta menawarkan studi•studi keislaman, sosial, politik, ekonomi serta sains dan teknologi modern termasuk kedokteran dalam perspektif integrasi ilmu.
• Piety, mengandung pengertian bahwa UIN Syarif Hidayatullah Jakarta memiliki komitmen mengembangkan inner quality dalam bentuk kesalehan di kalangan sivitas akademika. Kesalehan yang bersifat individual (yang tercermin dalam habl min Allah) dan kesalehan sosial (yang tercermin dalam habl min al•nas) merupakan basis bagi sivitas akademika UIN Syarif Hidayatullah Jakarta dalam membangun relasi sosial yang lebih luas.
• Integrity, mengandung pengertian bahwa sivitas akademika UIN Syarif Hidayatullah Jakarta merupakan pribadi yang menjadikan nilai-nilai etis sebagai basis dalam pengambilan keputusan dan perilaku sehari-hari. Integrity juga mengandung pengertian bahwa sivitas akademika UIN Syarif Hidayatullah Jakarta memiliki kepercayaan diri sekaligus menghargai kelompok-kelompok lain.