Program Studi Pendidikan Agama Islam (PAI) Universitas Al Azhar Indonesia didesain untuk menghasilkan pendidik dan tenaga kependidikan yang menguasai bidang agama Islam berlandaskan nilai-nilai spiritual, moral, profesionalisme dan etika Islami.
Dalam proses perkuliahan, para mahasiswa PAI akan memiliki beragam strategi pembelajaran dan keterampilan pedagogik yang kreatif dan inovatif. Selain itu, mahasiswa juga mampu memanfaatkan teknologi informasi dan komunikasi secara efektif dalam pengembangan pendidikan Islam.
Program Studi ini merupakan salah satu ciri khas Universitas Al Azhar Indonesia kerena memiliki kurikulum yang menunjang para huffaz (penghafal) al Quran, mendorong mahasiswa untuk menguasai Bahasa Inggris dan Bahasa Arab sebagai bahasa internasional.
Kegiatan pembelajaran di Prodi PAI juga menerapkan kurikulum berbasis KKNI (Kerangka Kualifikasi Nasional Indonesia) sesuai peraturan Presiden RI No. 8 Tahun 2012 tentang KKNI. Hal ini dimaksudkan guna menjamin mutu calon pendidik profesional yang dilahirkan oleh institusi UAI yang berkonsentrasi pada enterprising university sekaligus menjadi visi universitas.
Selaras dengan visi universitas tersebut, lulusan Prodi PAI selain fokus pada pendidik dan tenaga kependidikan, mereka juga dapat memilih profesi sesuai keilmuan yang dipelajarinya, yaitu sebagai praktisi dakwah, entrepreneur pendidikan, dan konsultan pendidikan. Sebab kurikulum PAI didesain untuk pengembangan ilmu pengetahuan ke area yang lebih luas, termasuk mendapatkan sentuhan Islamic Edupreneur yaitu penggabungan dua konsep dasar; pendidikan Islam dan kewirausahaan.
Program studi Pendidikan Agama Islam (PAI) mendapat izin operasional yang dikeluarkan oleh Koordinatorat Perguruan Tinggi Agama Islam Swasta (Kopertais) Wilayah I DKI Jakarta dengan nomor 17 tahun 2000. Izin operasional tersebut ditandatangani oleh Koordinator Kopertais Wilayah I DKI Jakarta Prof Dr Azyumardi Azra, pada tanggal 6 Nopember 2000.