Program Studi Magister Ilmu Keperawatan UI dibuka secara resmi pada tahun 1998 sesuai dengan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 324/DIKTI/Kep./1998 tanggal 7 September 1998. Program Studi Magister Ilmu Keperawatan menerima calon peserta yang memiliki latar belakang SKp atau Ners yang memiliki ijazah SMU jurusan IPA/ IPS. Pada awal penyelenggaraan program pendidikan ini, secara fungsional dan struktural penyelenggaraannya berada di bawah tanggung jawab Program Pascasarjana Universitas Indonesia. Namun sejak tahun 2000 sejalan dengan berubahnya UI menjadi BHMN, maka secara struktural program ini dikembalikan pengelolaannya ke Fakultas Ilmu Keperawatan UI, karena merupakan program yang bersifat mono disiplin. Sepanjang perkembangannya, Perkembangannya, Program pendidikan Magister Ilmu Keperawatan memiliki beberapa peminatan, yaitu:
- Kepemimpinan dan Manajemen Keperawatan
- Keperawatan Komunitas
- Keperawatan Maternitas
- Keperawatan Medikal Bedah
- Keperawatan Jiwa
- Keperawatan Anak
- Keperawatan Onkologi
- Keperawatan Gerontik
Tahap pendidikan magister ini ditempuh dalam 4 semester dan maksimal 6 semester. Mulai tahun 2022, FIK UI memfasilitasi mahasiswa dari beberapa peminatan untuk menempuh studi magister hanya dengan 3 semester. Lulusan Program Studi Magister Ilmu Keperawatan akan memperoleh gelar akademik Magister Keperawatan (M.Kep.)