Fakultas Ilmu Agama Islam (FIAI) menjadi kebutuhan tersendiri bagi UII. FIAI merupakan fakultas agama yang dimiliki UII yang sejak awal berdirinya telah berkembang dan tidak sedikit menghasilkan lulusan sarjana yang berkualitas. Lebih dari itu kenyataan memperlihatkan bahwa FIAI juga tetap memerlukan peningkatan serta pengembangan baik secara institusional maupun struktural agar lebih mampu mengantisipasi serta menjawab tantangan masa depan. Sebagai Fakultas Ilmu Agama di UII yang rahmatan lil’alamin maka FIAI mempunyai visi untuk menjadi pusat rujukan hukum Islam, pendidikan Islam, dan ekonomi Islam. Semua upaya dilakukan untuk menyiapkan pakar profesional Hukum Islam, Pendidikan Islam, dan Ekonomi Islam yang memiliki komitmen terhadap keunggulan kompetensi.
Dengan menelaah perkembangan-perkembangan mutakhir tersebut, juga dengan mempertimbangkan wacana yang berkembang tentang niat dan cita-cita pendirian UII, maka FIAI UII membuka Program Studi Doktor Hukum Islam (Prodi DHI JSI FIAI UII) dengan Konsentrasi Hukum Islam dan Hukum Ekonomi Syariah.
