Program Studi Magister Kenotariatan Fakultas Hukum UII adalah Program Magister Kenotariatan yang pertama kali di lingkungan Perguruan Tinggi Swasta (PTS) di Daerah Istimewa Yogyakarta dan sampai saat ini belum ada PTS lain yang menyelenggarakan prodi yang sama. Meskipun usia program ini masih muda tetapi peminat untuk program ini datang dari berbagai perguruan tinggi ditanah air (tercatat sebaran asal mahasiswa dari 89 perguruan tinggi di indonesia).
Program Studi Magister Kenotariatan Fakultas Hukum UII berdiri sejak 2014 berdasarkan Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 104/P/2014 tentang Izin Penyelenggaraaan Program Studi Kenotariatan, Program Magister (S-2) Pada Universitas Islam Indonesia di Yogyakarta, yang diselenggarakan oleh Yayasan Badan Wakaf Universitas Islam Indonesia, tanggal 10 Maret 2014.
Saat ini Program Studi Magister Kenotariatan Fakultas Hukum UII tergabung dalam Forum Kerjasama Program Studi Magister Kenotariatan Perguruan Tinggi Swasta Se-Indonesia (FK PSMKn.PTS). Forum ini telah berbadan hukum berdasarkan Keputusan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia No. AHU-00108.60.10.2014 tentang Pengesahan Pengurus Badan Hukum Perkumpulan Forum Kerjasama Program Studi Magister Kenotariatan Perguruan Tinggi Swasta Se-Indonesia.