Program Studi Ekonomi Islam (PSEI) FIAI UII merupakan Prodi Ekonomi Islam pertama di Indonesia yang mendapatkan izin operasional dari Departemen Agama RI pada tahun 2003. Lulusan PSEI FIAI UII berpeluang menjadi akademisi, praktisi professional, pelaku usaha dan peneliti muda di bidang keuangan dan perbankan Islam, keuangan publik Islam dan Bisnis Islam. Desain pembelajaran dilaksanakan dengan pemanfaatan IT dalam suasana menyenangkan serta penekanan pada pembelajaran aktif sehingga terwujud suasana akademik yang kondusif.
Dosen pengajar PSEI FIAI UII terdiri dari akademisi, praktisi, dan wirausahawan yang memiliki kualifikasi akademik yang diperoleh dari universitas yang terakreditasi, baik dari dalam maupun luar negeri yang sesuai dengan bidang keilmuannya.
