UBAYA adalah kelanjutan dari Universitas Trisakti Surabaya. Universitas Trisakti Surabaya dibentuk oleh Yayasan Universitas Trisakti Surabaya yang didirikan oleh tokoh-tokoh masyarakat, pendidik, pengusaha dan pemerintah, atas perintah Pepelrada (Penguasa Pelaksana Perang Daerah) Jawa Timur untuk menampung para mahasiswa dan dosen serta karyawan eks Universitas Res Publica Surabaya, setelah dilakukan screening dan clearance.
Atas prakarsa Ketua Umum Yayasan Universitas Trisakti (Bapak R.Soekotjo Walikota KDH TK. II Surabaya) nama Universitas Trisakti diganti menjadi UNIVERSITAS SURABAYA yang dikukuhkan dengan Akte Notaris Djoko Soepadmo, S.H. No. 25 Tanggal 6 Maret 1968. Pada saat awal UBAYA memiliki 3 fakultas, yaitu fakultas farmasi, fakultas hukum dan fakultas ekonomi.
Pembangunan kampus kuliah di Jalan Ngagel Jaya Selatan 169 dilanjutkan kembali pada tanggal 11 Maret 1968 dan tanggal tersebut diperingati sebagai hari ulang tahun UBAYA. Pembangunan kampus Tenggilis dimulai tahun 1981 dan ditempati pertama kali oleh Fakultas Ekonomi pada tahun 1982.
Pada tahun 1977 didirikan Lembaga Pendidikan Kejuruan Ajun Akuntan (LPK.AA) yang pada tahun 1983 diubah menjadi Fakultas Non-Gelar (FNG) dan pada tahun 1992 disempurnakan menjadi Pusat Pendidikan Bisnis & Manajemen Terapan (PPBMT). Pada medio tahun 1995, PPBMT tersebut berubah menjadi Politeknik Bisnis dan Industri (PBI), yang pada tahun 1997-1998 dikembangkan menjadi Program D-3 Ekonomi dan Pendidikan Bahasa Inggris Bisnis. Pada tahun 2000 diselenggarakan Politeknik UBAYA dengan 3 program studi, yaitu Akuntansi, Manajemen Pemasaran dan Sekretari. Berikutnya pada tahun 2002 Politeknik UBAYA dikembangkan lagi dengan 2 program studi, yaitu Bahasa Inggris Bisnis dan Perpajakan. Pengelolaan administrasi Program D3-Ekonomi, PBI, FBL, dan Politeknik UBAYA dilaksanakan oleh PPBMT (Program Pendidikan Bisnis dan Manajemen Terapan). Sejak tahun 1989 Fakultas Farmasi menyelenggarakan pendidikan Profesi Apoteker. Fakultas psikologi didirikan pada tahun 1982 dan disusul pendirian fakultas teknik pada tahun 1986. Fakultas Psikologi memulai pendidikan Profesi Psikolog pada tahun 1998.
Pada akhir tahun 1992 UBAYA ditunjuk oleh pemerintah untuk menyelenggarakan Program Magister Manajemen dan Magister Hukum melalui Program Pascasarjananya. UBAYA bersama tiga PTS terkemuka di Jakarta merupakan empat perguruan tinggi swasta pertama di Indonesia yang mendapat kepercayaan tersebut.